26 июля 1999 года Александр Никитин подал жалобу в Европейский суд по правам человека в Страсбурге. В своем обращении в суд Никитин указывает, что российские власти нарушили его права, которые оговариваются в ч. 1 ст. 6 и ст. 13 Европейской Конвенции по правам человека. Жалоба уже поступила в суд и была зарегистрирована.

Уголовное преследование Александра Никитина основано на использовании секретных и имеющих обратную силу нормативных актах; его право на свободу передвижения ограничено уже в течение 4-х лет, и, наконец, российская судебная система не смогла вынести окончательное решение по этому делу.

Александр Никитин обвиняется ФСБ в измене родине и разглашении государственной тайны за участие в составлении доклада объединения Bellona, посвященного проблемам радиационной безопасности на Северном флоте. Он был арестован 6 февраля 1996 года и был освобожден только спустя 10 месяцев под подписку о невыезде. В октябре 1998 года Городской суд С.-Петербурга нашел обвинение против Никитина неконкретным и противоречивым и направил дело на дополнительное расследование в ФСБ. Верховный суд Российской Федерации подтвердил это решение своим определением в феврале 1999 года.

В июне 1999 года следствие ФСБ предъявило новое обвинение, в котором Никитину снова инкриминировалась измена родине и разглашение государственной тайны. Новое обвинение (восьмое по счету с момента заведения уголовного дела в октябре 1995) опять основано на секретных и имеющих обратную силу нормативных актах.

"Суд в Страсбурге должен установить, нарушила ли Россия положения Европейской Конвенции по правам человека", — заявил Йон Гаусло, юрист объединения Bellona, который занимался составлением жалобы, — "Если Россия откажется выполнять решение суда, она рискует, что ее членство в Совете Европы будет приостановлено", — говорит Гаусло.

Оценка дел Европейским судом может занимать от одного года до пяти лет. В этой связи, Александр Никитин настаивает на том, что его жалоба должна рассматриваться на приоритетной основе в соответствии с положением 41 Свода правил Европейского суда.