Заказник «Раковые озёра» расположен в 40 км от Выборга между поселками Стрельцово, Климово и Гранитное. В заказнике на протяжении многих десятилетий ведутся орнитологические исследования: тысячи птиц — лебедей, гусей, уток разных видов —  останавливаются здесь в период миграции. На территории заповедника гнездятся птицы, занесённые в Красную книгу. Здесь также встречаются редкие для северо-запада России животные и растения.

По территории заказника должно пройти 1,3 км трубопровода. Федеральная служба по экологическому, технологическому и атомному надзору утвердила соответствующее заключение экспертной комиссии государственной экологической экспертизы проектной документации «Северо-Европейский газопровод. Участок Грязовец-Выборг, II нитка»  в августе 2009 года, открыв дорогу российскому газу через природный заповедник.

Основное воздействие на заповедник будет оказано не при эксплуатации, а при строительстве «Северного потока». После, как утверждают специалисты, ущерб будет минимальным. Но во время строительных работ следует опасаться загрязнения атмосферного воздуха, выбросов загрязняющих веществ от двигателей используемой техники. Кроме этого, нельзя не учитывать шумовые воздействия, вибрацию и другие факторы, которые сопровождают прокладку трубопровода. Непонятно также, каким образом будет собираться сточные воды, образуемые при проведении строительно-монтажных работ.  

Строители не скрывают, что экологии «Раковых озёр» будет нанесён ущерб. Так, пострадают охотничьи виды животных, а некоторые виды растений, занесённых в Красную книгу, вовсе могут исчезнуть. Тем не менее, в ходе общественных слушаний, состоявшихся год назад, представители «Газпрома» оценили возможный экологический ущерб всего лишь в 170 тысяч рублей, из которых 10 тысяч — это размер ущерба краснокнижным видам растений. Там же, на слушаниях, было предложено сократить площадь заказника — «отрезать» ту часть заповедника, по которой пройдёт трубопровод. В этом случае ущерб оценивался в миллионы рублей.

Правительство Ленинградской области долго не принимало никаких решений, опасаясь возмущения общественности. Экологи, опасаясь сокращения территории заказника, предложили зонировать территорию заказника. В частности, на заседании Общественного экологического совета в при губернаторе Ленинградской области с таким предложением выступил представитель организации «Зеленая волна» Павел Овсянко. Он предложил оставить всю территорию в границах заказника, изменив режим её использования, то есть на некоторых участках разрешить определенные виды хозяйственной деятельности, запрещенные в других местах заказника. Ответом на это стало согласование проекта Федеральной службой по экологическому, технологическому и атомному надзору.

Тем не менее, как известно, решение принято и газопровод всё же пройдёт через заказник. Экологический правозащитный центр «Беллона» направил соответствующий запрос в Правительство Ленинградской области, чтобы выяснить, каким образом была решена проблема прокладки «Северного потока» через «Раковые озёра».