Последние десять лет он провёл в заключении по обвинению в шпионаже. Правозащитники утверждают, что следствие было далеко от объективности и что приговор имеет политические мотивы.

Наблюдая за происходящим из колонии строгого режима в Архангельской области, Игорь Сутягин рассчитывает, что о его дело будет рассмотрено в Европейский суд по правам человека в Страсбурге. В апреле этого года Парламентская ассамблея Совета Европы призвала российские власти «использовать все доступные юридические средства», чтобы освободить Игоря Сутягина.

Игорь Сутягин заведовал сектором военно-технической и военно-экономической политики Отдела военно-политических исследований Института США и Канады Российской Академии наук (ИСКРАН). Один из немногих гражданских специалистов, занимающихся вопросами разоружения и контроля за вооружениями.

В 1999 году Игорь Сутягин был арестован ФСБ и обвинён в государственной измене. Сам он заявил, что, будучи гражданским специалистом, не имел доступа к секретной документации. Правозащитные организации считают Сутягина политическим заключённым. В Human Rights Watch отмечали, что «в ФСБ не оказали уважения праву Сутягина на честное разбирательство: выдвинутые против него обвинения имели расплывчатую формулировку, нечётко, его утверждения, что он пользовался только открытыми источниками информации, не были проверены; следствие основывало обвинения на секретных постановлениях, с которыми Сутягину не разрешалось ознакомиться; в ФСБ неоднократно нарушали процессуальные нормы; официальные лица публично объявляли Сутягина шпионом ещё до разбирательства и во время него».

В 2004 году, после более чем четырёхлетнего предварительного заключения, Игорь Сутягин был признан виновным и осуждён на 15 лет заключения в колонии строгого режима, сообщает БаренцОбзервер. В 2005 году его перевели в Архангельскую область, где он находится по сей день.

В докладе по вопросам прав человека за 2007 год Госдепартамент США поместил Игоря Сутягина в число российских политических заключённых.