Суть налоговых претензий к общественной организации гуманитарно-политологический центр «Стратегия» сводилась к тому, что НКО получала денежные средства по грантам от международных некоммерческих организаций, которые не входят в перечень организаций, безвозмездная помощь которых не подлежит налогообложению, в соответствии с постановлением Правительства РФ № 485 от 28 июня 2008 г. Следовательно, делает вывод налоговый орган, такие гранты должны учитываться в составе внереализационных доходов как безвозмездно полученное имущество на основании пункта 8 статьи 250 Налогового кодекса РФ. Проверка в отношении организации проводилась за 2008–2010 года и сумма налоговых санкций в виде недоимок, штрафов и пени составила почти 4,5 млн. рублей.

Организация «Стратегия» с доводами налогового органа не согласилась и обратилась в Арбитражный суд Санкт-Петербурга и Ленинградской области с соответствующим заявлением. В судебном порядке удалось доказать, что цель предоставления денежных средств совпадает с уставной деятельностью организации, а значит они являются целевыми поступлениями в виде пожертвований. Об этом же говорится и в диспозиции части 2 статьи 251 Налогового кодекса Российской Федерации, а критерии  пожертвований, подпадают под статью 582 Гражданского кодекса Российской Федерации.

Две судебные инстанции – Арбитражный суд Санкт-Петербурга и Ленинградской области и Тринадцатый арбитражный апелляционный суд согласились с аргументами защиты и решение налоговых органов о взыскании денежных средств были признаны незаконными, что согласуется и с практикой Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации.

         21 июля 2012 года президент Российской Федерации подписал, закон об НКО, который вносит целый ряд требований в отношении организаций, выполняющих функции иностранного агента.    Исходя из трактовок вносимых изменений, к таким НКО относятся организации, получающие денежные средства из-за рубежа и, занимающиеся «политической деятельностью».  Под «политической деятельностью» понимается фактически несогласие НКО с решениями органов власти, будь то, налоговые, правоохранительные, надзорные или иные  инстанции. Предполагается, что подобным несогласием НКО оказывают «воздействие на принятие государственными органами решений, направленных на изменение проводимой ими государственной политики, а также участвуют в формировании общественного мнения в указанных целях». Следовательно, таким НКО присущи функции «иностранного агента», гласит закон.

Если проанализировать судебные акты арбитражных судов по делу «Стратегии», то, отмененное решение налогового органа не соответствует нормам российского законодательства, а значит, нарушает права общественной организации на осуществление деятельности. Получается, что все «политическое влияние» НКО сводится к тому, чтобы заставить власть предержащих осуществлять полномочия в соответствии с законодательством. Видимо, без влияния «иностранных агентов», тут точно не обойтись.