Вспоминая военные годы, прежде всего, необходимо отметить, что ни один заповедник Советского Союза в годы Великой Отечественной войны, за исключением тех, которые были полностью оккупированы немцами, ни на день не прекращал своей работы.

Условия работы людей были страшно тяжелыми, без выходных и отпусков, при сильно сокращенном штате сотрудников. Зачастую в заповеднике оставался только директор или один из научных сотрудников и несколько наблюдателей службы охраны, т.к. большинство мужчин, а во многих случаях и женщин, уходили или были в первые же недели войны призваны в действующую армию. Работу по наблюдению продолжали жены ушедших на фронт сотрудников, а в следующие годы войны – и их подрастающие тринадцати-пятнадцатилетние дети, не смотря на повсеместный голод, дефицит самых необходимых и элементарных вещей и другие лишения военного времени.

Научные сотрудники, которые по состоянию здоровья или иным причинам – неблагонадежности, по национальным признакам и т.д., не были призваны и взяты в армию, переходили на должности наблюдателей. В заповедниках, которые были под оккупацией или ожидали наступления немцев, помимо основной работы, людям приходилось рыть окопы, строить дороги, долбить зимой мерзлую землю, уходить в партизанские отряды. Заповедники жили напряженной жизнью военного времени.

Всего в зоне боевых действия и оккупации в годы Великой Отечественной войны оказалось 11 заповедников: Кандалакшский, «Кивач», Центрально-Лесной, Воронежский, «Лес-на-Ворскле», «Тульские засеки», «Галичья Гора», Центрально-Черноземный, Кавказский, Тебердинский, Крымский, а также заповедники Украины и Белоруссии.

Ущерб, причиненный живой природе этих и других заповедных территорий по сути не поддается точному учету и описанию. В середине 1945 года госкомиссией он был определен в сумму около 34 млн руб., и это без учета ущерба от воинского призыва работников, воспроизводства животных и прекращения ведения подсобного хозяйства.

Посильным вкладом работников в борьбу с общим врагом были сбор и заготовка на заповедных территориях целебных лекарственных растений, семян хвойных и лиственных деревьев, грибов и ягод для фронта. Эта работа часто поручалась шести-семилетним детям. Самым тяжелым моментом в военной истории заповедников стал конец 1941 года, когда было выдвинуто предложение провести на их территориях порубки леса. Однако правительство дало однозначный ответ: не думать о порубках, поскольку заповедники призваны охранять природу. И, хотя позже порубки для оборонных нужд и проводились, но в ограниченных масштабах и по специальным правительственным распоряжениям.

Не смотря ни на какие трудности и лишения, в заповедниках все пять лет продолжались научные исследования, велись записи в дневниках, «летописи природы» и не прекращались работы по охране заповедных территорий, велись метео-фенологические наблюдения и даже организовывались научные экспедиции. Самоотверженные ученые вели наблюдения за поголовьем и следами диких животных, за цветением и плодоношением деревьев и других растений, с геодезических вышек осуществлялась охрана лесов от пожаров. В годы войны продолжались закладка питомников и посадка лесокультур и уход за ними.

Зачастую научная тематика заповедных исследований перестраивалась в соответствии с нуждами народного хозяйства на поиски полезных ископаемых, минералов, лекарственно-технического сырья. Много внимания уделялось борьбе с браконьерством и скупщиками пушнины, особенно в таежных заповедниках, где были крепки охотничьи традиции местного населения.

Важным моментом является тот факт, что в годы Великой Отечественной войны ни один заказник не был закрыт или сокращен в площади. Более того появились два новых – «Предуралье» и «Кунгурская ледяная пещера», которые были включены в число республиканских объектов и поставлены на финансирование с 1944 года. А в год победы в стране были организованы 6 новых заповедников: пять в Московской области и «Дарвинский» в Вологодской области.