После того, как 29 декабря Санкт-Петербургский Городской суд оправдал Никитина, 30 декабря прокурор направил предварительный протест, утверждая, что решение суда «ошибочно». 1 февраля 2000 года прокурор попытался подкрепить свою точку зрения 13-страничным документом. В нем утверждается, что постановление суда противоречит фактам по делу и основано на «произвольном и выборочном» применении закона, и что суд не исследовал дело полностью.

Однако две трети приговора посвящено фактам, описанным в обвинительном заключении и материалах дела. Следовательно, приговор действительно основан на фактах. Применение судом законов не «произвольно и выборочно», а основано на Конституции РФ и Закона «О государственной тайне», а не на секретных и имеющих обратную силу нормативных актах, на основе которых прокурор построил обвинение. Суд провел подробную и объективную оценку дела, допросив ряд свидетелей и экспертов, исследовав правовую основу обвинения, открытые источники доклада «Беллоны», а также материалы дела. Отвечая на вопрос суда о вызове дополнительных свидетелей и экспертов, прокурор посчитал это нецелесообразным.

Таким образом, оправдательный приговор по делу Александра Никитина имеет твердую основу, а все утверждения в протесте прокурора – безосновательны.

Исследуя дело о протесте прокурора, Верховный суд может принять одно из трех решений: