ТРО сортируются по степени радиоактивности, а также – на горючие и негорючие. На РТП «Атомфлот» эксплуатируется установка сжигания горючих ТРО (проектная производительность — 40 т/год). Сжигание позволяет сократить объем ТРО примерно в 80 раз. Газы, образующиеся в результате сжигания ТРО, проходят специальную очистку на фильтрах. За время работы на установке сжигания переработано более 350 м3 горючих ТРО. В настоящее время установка практически не используется.

Негорючие ТРО, отработавшие ионообменные материалы, радиоактивно загрязненное оборудование хранятся в специальных помещениях и на временно организованных площадках РТП «Атомфлот», а также на птб «Володарский». Все производственные участки РТП «Атомфлот», на которых производятся работы с оборудованием, имеющим радиоактивные загрязнения, оборудованы системой очистки воздуха от радиоактивных аэрозолей.

ЖРО передаются на переработку на опытно-промышленную установку очистки (см. главу 5 «Проекты по ядерной и радиационной безопасности»). Радиоактивная вода проходит ряд фильтров с ионообменными материалами, содержание радионуклидов снижают до допустимой концентрации, затем вода поступает в общую систему очистки, проходит биологическую очистку и сливается в акваторию Кольского залива.