После завершения административной реформы, парализовавшей работу федеральных органов власти на значительную часть 2004 года, стало ясно, что получилось в итоге. Экологические интересы вновь были проигнорированы российской властью, атомная индустрия получила в свои руки новые инструменты влияния.
Федеральной службе по экологическому, технологическому и атомному надзору, которая подчинена премьер-министру Фрадкову, передан ряд важнейших функций, включая экологическую экспертизу промышленных проектов. По мнению группы «Экозащита!», теперь на достоверность проведения государственной экологической экспертизы и соответствие ее российским и международным природоохранным нормам рассчитывать не приходится. Достаточно знать биографию ее руководителя Андрея Малышева — бывшего замминистра в Минатоме, а со 2 июня 2004 года — и.о. руководителя Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору.
«Это полный абсурд. Надзорный орган должен контролировать действия предприятий и федеральных структур, а не проводить государственную экспертизу промышленных проектов. Соединение этих функций — идеальная возможность для коррупции. Мы призываем правительство создать независимый от каких-либо ведомственных интересов орган для проведения государственной экологической экспертизы, иначе природные ресурсы России будут довольно скоро уничтожены», — заявил Владимир Сливяк, сопредседатель российской экологической группы «Экозащита!». — Более того, нынешний руководитель Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору — лоббист интересов атомной индустрии. Именно Малышев выдавал все существующие лицензии на продление срока службы наиболее опасных реакторов — Чернобыльского типа — выработавших свой ресурс. По поводу А.Малышева существуют серьезные подозрения в создании структур внутри атомной промышленности, которые позволяют отмывать средства, изъятые из госбюджета».
В конце 2003 г. председатель комитета по безопасности ГосДумы РФ В.Илюхин обратился в ФСБ с запросом относительно участия Андрея Малышева в коррупции внутри атомной промышленности. С содержанием справки,приложенной к запросу депутата и посвященной коррупции в Госатомнадзоре и Росэнергоатоме можно ознакомится на сайте Antiatom.ru .